精子库防止近亲结婚的方法主要包括从精子供应渠道上做出严格规定，开展人工授精、辅助生殖技术的准入制度，完善随访。其中从精子供应渠道上做出严格规定是指目前国内各大精子库的精子捐献者以大学生为主，禁止亲属之间的供精。卫生部还将建立中央信息库，确保每位供精者只能在一处供精，防止同一位供精者在多处供精；确保每一供精者精液标本最多只能使5 名妇女受孕，最大限度减少一个供者的后代之间发生近亲结婚的可能性。
国内对于精子库的管理是有非常严苛的要求的，其专门制定《人类辅助生殖技术规范》与《人类精子库管理办法》等，为了避免精子库供精人工授精后代出现近亲结婚，要求精子库严格控制每一位供精者的冷冻精液，最多只能使5名妇女受孕。同时部分精子库会与许多外地的精子库签订协议，将精子提供给外地生殖中心使用，降低子代近亲结婚的风险。
精子库人工授精筛选是非常严格的，男性睾丸只要存在精子，并不会直接建议做供精人工授精，而是先尝试二代试管婴儿助孕，以此来减少做供精人工授精子代出生数量。在精子库人工授精结束后，夫妇积极的协助医院随访，那么都是可以有效避免后代出现近亲结婚的情况的。
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